Noch ne andere Idee:
Mit RegReplaceKey tauschst Du erstmal alle Hives aus! Nach einem Reboot hast Du dann auf Deinem System die alte Registry vollständig im Zugriff. Du machst ein reguläres Backup der Registry mit dem RegEdit und wechselst dann wieder auf die neuen Dateien. - Reboot - und danach kannst Du aus den Backups die richtigen Werte raussuchen.
Zu meinem Beitrag oben: Das Mapping geht mit RegOverridePredefKey. Das
MSDN wird Dir ab hier gerne weiterhelfen - wo Du nun die richtigen Begriffe hast