Wird ganz sicher auch kein Programm von diesen Orten gestartet? Manchmal gibt es Probleme mit Leerzeichen im Namen. Du musst dein Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run sowohl in
HKCU als auch in
HKLM suchen.
Andernfalls kannst du ja zur Sicherheit auch die anderen Startdateien (win.ini etc.) durchsuchen.