Ich würd auch z/amanda empfehlen, es gibt eigentlich nix bessere.
Doch: Bacula
Als ich nach einer Backup-Lösung suchte hatte ich sowohl Amanda als auch Bacula im Visier. Allerdings schied Amanda ziemlich schnell aus weil ich keine unkomplizierte Dokumentation eines Backups auf Festplatte fand. Daher läuft bei mir eine Bacula-Installation die ihre Arbeit bisher problemlos verrichtet hat.
Sieh dir Mal die (sehr) umfangreiche Doku zu Bacula an, du wirst feststellen dass dein Setup mit sehr wenig Aufwand realisiert werden kann. Lediglich dein Kriterium "jede Sicherung in ein eigenes Verzeichnis" könnte problematisch werden, da könntest du aber möglicherweise etwas über die Autochanger-Emulation hacken. Eigentlich ist diese Anforderung aber relativ sinnlos, da Bacula jedes Backup in genau eine Datei schreibt. Ich differenziere lediglich zwischen den gesicherten Maschinen und dem Backup-Level (xyz-incremental, xyz-differential, xyz-full etc.)
mfG
Markus
Edit: Noch ein
Vergleich zwischen verschiedenen Enterprise-Backup-Systemen im Bacula-Wiki und der
Eintrag zu Bacula im Linuxwiki