Ich vermute hier die Auswirkungen der Verzeichnisvirtualisierung. Angenommen, das eigene Tool hat kein Manifest in seiner EXE, so werden Schreibzugriffe auf geschützte Verzeichnisse durch das System umgeleitet auf den VirtualStore im Nutzerprofil. D.h. auch wenn es so aussieht, als läge das fragliche Verzeichnis in C:\Windows, so ist der tatsächliche Ort %UserProfile%\AppData\Local\VirtualStore\Windows.
Hierfür reicht es auch, wenn ein anderes Tool (ebenfalls ohne Manifest) das Verzeichnis angelegt hat. Siehe auch
http://blog.m-ri.de/index.php/2007/0...chattenseiten/.