Das klingt als ob du nicht der Installationsanleitung gefolgt bist:
https://github.com/IndySockets/Indy/wiki/Updating-Indy
Ich habe eben das Clean-Skript mit Adminrechten ausgeführt (Adminkonsole, zum Ordner Lib gewechselt, Skript ausgeführt), Delphi gestartet, in der Projektgruppe alles auf Windows 32-Bit gestellt und erzeugt, dann die beiden dcl*-Packages installiert, die drei genannten Ordner Lib\Core, Lib\System und Lib\Protocols zum Bibliothekspfad hinzugefügt, fertig. Danach lief alles.
Du kannst natürlich auch manuell alles machen, aber du musst auch die Dateien entfernen.