Alternativ den "wichtigen" Code eben garnicht erst in der EXE zu haben.
* in "deiner" Cloud (WebServer)
* oder z.B. in einem HardwareKey (sicherer USB-Stick)
Wenns wirklich wichtig ist, wird halt "Deine Cloud" gehackt. Oder die Kommunikation zwischen EXE und Cloud ausgeforscht. Der Hardwaredongle ist vermutlich die sicherste Bank.