Solange die installierte Anwendung keine Admin-Rechte braucht, glaube ich nicht, dass Windows gegen einen Start der Anwendung etwas einzuwenden hätte.
Ich kann mehrfach bestätigen, dass dem nicht so ist und es dennoch was dagegen hat.
Evtl. liegt das auch an einer speziellen Konstellation bei Dir? Jedenfalls habe ich schon oft zum Testen eine nicht signierte Datei auf einem anderen PC in das Programmverzeichnis kopiert und dort ausgeführt. Kein Problem. Auch in Problemfällen hatte ich unsignierte EXE-Dateien Usern zum Testen zur Verfügung gestellt, die Programme waren problemlos ausführbar.
Wenn ein Programm ordnungsgemäß im Programmverzeichnis installiert wurde, macht es auch keinen Sinn, wenn Windows hier was zeigen oder bemängeln würde, nur weil eine Datei nicht signiert wurde. Das macht es allenfalls bei Downloads, die gerade frisch herunter geladen und ausgeführt werden sollen.