Bei den DDevExtensions gibt es ein Tool "Set Project Versioninfo". Damit sollte Dein Problem lösbar sein.
Ich bin sicher, dass es Methoden gibt, solche Probleme zu hacken. Mich interessiert eher, woher die falsche Information kommt und warum die richtige aus Projektoptionen nicht übernommen wird.
Ich muss auch sagen, dass in früheren Versionen des Projekts dieses Problem nicht gab. Könnte es an der Delphi-Version liegen? In Delphi 11 wird nur die Version 12.0 (die aktuellste) des Projekts entwickelt.