UPX und Anderes kennen aber viele (ordentliche) Virenscanner und entpacken es vor der Analyse.
Was dann oft nur noch angemeckert wird, sind modifikationen/verschleierungen, welche dieses Entpacken verhindern sollen.
Was aber "normal" unpraktisch war, dass sowas z.B. Optimierungen für ein schnelleres Laden verhindert, durch Wiederverwenden und Teilen von vorbereitetem
DLL-Speicher,
aber seit ASLR relativiert das sich etwas.
Die Ersparnis durch UPX war gegen die Nachteile nur noch minimal, da Speicher und Traffic diesbezüglich selbst eigentlich kein Problem mehr sind.