Wenn Du sowieso im Hintergrund nach verschobenen Dateien suchst, wäre es wohl (wie himitsu vorschlägt) am besten, einen Hash-Wert zu merken, um die Dateien wiederzuerkennen. Die Hash-Werte müssen ja nur für neu hinzugekommene (oder umbenannte Dateien zum Vergleich) ermittelt werden. Das kann auch im Hintergrund laufen.
Das mit den Hashwerten funktioniert aber nur sinnvoll, wenn sichergestellt ist, dass sich die Dateien nicht verändern. Grade bei Audio-Dateien ist es aber durchaus üblich, dass sich diese immer wieder mal ändern - nicht der Audioteil, aber durchaus die Metadaten. So kann z.B. eine "Bewertung" in die ID3Tags geschrieben werden, die ja nicht unbedingt fix ist. mein Player merkt sich z.B. auch (natürlich optional, Opt-In) einen Abspielzähler darin.