"dublicate rescouces" ist per se kein Problem, da in der EXE/
DLL (
PE) niemals etwas doppelt ist.
Nur eine der beiden/vielen Ressourcen wird in die EXE gelinkt, womit dann die "falsche" Ressource drin sein könnte.
Mit einer Signierung kann man Windows/Defender aber teilweise etwas beschwichtigen.