Außerdem solltest du im Quelltext einmal schauen, wo das Neuzeichnen ausgelöst wird.
Kannnst du vielleicht mit WM_SETREDRAW, das du an die Scrollbox schickst, das Flackern verhindern? Damit kannst du das Neuzeichnen aktivieren oder deaktivieren, je nach Parameter.
// EDIT:
Du könntest es mal mit LockwindowUpadte versuchen:
Das ist keine gute Idee. Das ist nicht dafür gedacht, allgemein verwendet zu werden, dafür gibt es WM_SETREDRAW. (siehe Doku)