Der Hinweis auf den TPhysSQLiteDriverLink impliziert, dass alle nötigen FireDAC Units vorhanden sind. Durch das Setzen von EngineLinkage auf slFDEStatic wird das alte Verfahren aktiviert (FDE = FireDAC Encryption).
Das funktioniert dann aber eben nur mit der SQLite 3.31.1 Version. Da hier statisch gelinkt wird (slFDEstatic) braucht man sich um die DLLs aber nicht kümmern.
Danke für die Hinweise.