Ich hab's zwar (noch) nicht verstanden. Aber da beschäftige ich mich die nächsten Tage mit.
Das Manifest teilt Windows mit, dass die Anwendung "neu" ist und daher die aktuellen Controls und das aktuelle Aussehen verwenden kann. Ansonsten geht Windows davon aus, dass es eine alte Anwendung ist und geht in den Kompatibilitätsmodus. Dadurch sieht die Anwendung dann aus wie vor Windows XP.