Eine integrierte Hilfe hat den Vorteil, dass sie offline verfügbar ist. Aber die Pflege ist u.U. umständlich und schön ist sowas auch nicht.
Umständlich kommt vielleicht auch auf die verwendeten Tools an.
Schön ist aber Geschmackssache.
Ich verwende zur Erstellung auch
Help & Manual mit Ausgabe je nach Bedarf als CHM für die kontextsensitive Hilfe, PDF für Handbücher und HTML5/WebHelp für Internet & Co. Bislang bin ich damit immer ganz gut gefahren.