Ich habe mich auch mit solchen Meldungen herumgeschlagen - wie allgemein bekannt hilft eine Signatur.
Aber es gibt auch manchmal Probleme durch den Sandbox check. Hier wird die EXE in einer Sandbox gestartet und es wird dort automatisch auf jeden Knopf geklickt. Wenn dies zu einer
Exception führt (z.b. FileNotFound) dann wird die erste rote Flagge gehisst. Man sollte also darauf achten, das EXEs keine Exceptions werfen, wenn sie ohne gültige Daten geladen werden. (Timer sind auch unbeliebt und hissen weiter Flaggen)