Da die Gesamtleistung ja (wie schon richtig erkannt) maximal 100% einer CPU ergibt, wird wohl irgendwo etwas sein müssen, welches immer nur einen Thread am laufen läßt.

Aber ohne genauere Erkenntnis über das Innere deiner Threads, können wir auch nicht weiterhelfen.
Du mußt ja auch "nur" rausfinden, welcher Code bei dir dafür verantwortlich ist.