Code signing würde dieses Problem nur bedingt lösen. Denn auch wenn ein gültiges vertrauenswürdiges Zertifikat verwendet wird, ist ja dennoch ab und zu ein "Fehlalarm" durch die Heuristik der Virenscanner möglich.
Wir senden bei solchen Virenscanner-Meldungen die Anwendungsdatei(en) an den jeweiligen Hersteller der Antiviren-Software und lassen diese whitelisten.
Zertifikate für das code signing erhältst Du zwischen 0-2000 EUR pro Jahr bei den selben Anbietern, die auch SSL Zertifikate anbieten. Suche mal nach
software code signing.