Solange StdIn und StdOut noch genauso verfügbar sind sollte es keinen Unterschied machen was den Call ausführt, und es sich auch sonst genauso wie CMD benimmt.
Ich schreibe das nicht ohne Grund. Leider macht es trotzdem einen Unterschied, auch wenn uns nicht klar ist, worin der besteht. Ein einfaches Deaktivieren des Terminals reichte jedenfalls, damit alles wieder normal lief.