Schreibrechte auf Verzeichnisse und bei den Dateien das ReadOnly-Flag entfernen, dann "geht" es wieder, aber 'ne richtige Lösung ist das eigentlich nicht.
Funktioniert bei dir das CodeInsight?
Wobei auch die Frage wäre, ob TODO noch einen eigenen Parser nutzt, oder schon den LSP.
Wenn es irgednwo beim Parsen der Units abraucht, dann wäre auch diese Liste leer.