Der Unterschied ist, dass MSBuild die Validität prüft und ggf. Fehler meldet, während der Aufruf aus der
IDE ohne diese Prüfungen gemacht wird. Wenn du nun bemängelst, dass MSBuild eine fehlerhafte Konfiguration nicht einfach so übergeht (und dich ggf. später in Fehler laufen lässt, mit denen du nichts anfangen kannst), kannst du das natürlich tun. Das ändert aber nichts daran, dass der Fehler nicht bei MSBuild liegt.
Zudem hilft es dir auch nicht weiter. Deshalb verstehe ich nicht, weshalb du dich darüber aufregst, statt einfach deine Konfiguration zu korrigieren...
In früheren Versionen von Delphi führte ein zu langer Biblitohekspfad übrigens dazu, dass die Kommandozeile für die dcc32.exe irgendwann abgeschnitten wurde, was zu teilweise recht seltsamen Fehlermeldungen führte. Ich hoffe, dass das mittlerweile abgefangen wird, aber ausprobiert habe ich das nicht. Zu lange einzelne Pfade hingegen wurden ggf. einfach ignoriert, so dass man sich nur gewundert hat, warum die Units nicht gefunden werden (was eben bei MSBuild geprüft und dir gemeldet wird).