Dachte immer, das Borland (und Nachfolger) immer je Delphiversion einen eigenen Zweig in der Registry hatte bzw. haben, so dass da von Haus aus eigentlich kein Durcheinander entstehen sollte.
Worauf man aber dringend achten muss, ist die Quelltexte streng getrennt abzulegen und die Bibliotheks- bzw. Suchpfade klar und unmissverständlich zu trennen. Auch wenn man dann ggfls. diverse Fremdbibliotheken, Fremdkomponenten, ... mehrfach (also redundant) in den Verzeichnissen hat.
Ein Versionierungssystem könnte hier durchaus hilfreich sein.
Ich habe mir gerade die Registry Einträge noch einmal angeschaut. Leider sind die Einträge nicht je Version getrennt. Daher würde ich mir bei einer D5 Installation die Einträge überschreiben und mit D5 im Pfad zuweisen.