1. diese Version von
mySQL ist uralt. Warum quält man sich mit sowas?
2. Deinen Angaben kann man nicht entnehmen, welche storage engine verwendet wird. Diese dürfte aber wichtig sein, um das Sperrverhalten zu beurteilen.
3. Einfache (ältere oder schlechte) Systeme sperren nicht gezielt Datensätze, sondern ganze Blöcke. Es würde dazu passen, dass der Effekt nicht immer auftritt, nur wenn beide DS im gleichen Block liegen.
4. Der Code zum Speichern kann natürlich auch problematisch sein, ist aber nicht aufgeführt.