In der Taskleiste müsste doch das Icon verwendet werden, nicht das Logo.
Wie sehen die PNG aus?
Ist das "Blaue" da wirklich transparent?
Ansonsten dort wo #464646 stand, diese "blaue" Farbe angeben. (#464646 ist ein Grau)
Oder eben das PNG bearbeiten und es transparent machen.
Zum Testen: Icon, Logo44x44 und Logo150x150 mit unterschiedlichem Inhalt ... dann siehst genau, Welches genommen wird.