Ich habe auch schon 2 ältere CommandlineTool nachinstalliert, stehen aber im aktuellen XCode nicht zur Auswahl.
Das hatte schon mal vor einiger Zeit geholfen, wo es schon mal Probleme gab.
Aktuell ist XCODE zickig, das merkt man aber erst wenn man fertig ist und das Projekt in den Store bekommen möchte