Firefox hat noch nie von sich aus Duplikate in den Lesezeichen erkannt, wenn man sie per
HTML importiert. Wenn ich einen solchen Fall habe, verschiebe ich den
Inhalt der neu hinzugekommenen Lesezeichen-Symbolleiste (die ohne Symbol) von Hand in den zuvor schon vorhanden gewesenen Ordner. Gleiches kann man für andere Ordner ebenfalls tun. Duplikate in den Lesezeichen würde ich erst danach versuchen aufzuräumen. Ob man dafür ein Addon verwenden kann, weiß ich nicht. Bisher hatte ich immer nur einer kleinen Anzahl von Duplikaten zu tun, so dass sich ein Addon für mich nicht lohnt.
Hast du denn kein Backup von vor dem Import der Lesezeichen? Bzw. eigentlich sollte die Bibliothek (oder wie auch immer das Teil in der aktuellen Version gerade heißt) ein Rücksetzen auf einen etwas älteren Stand erlauben: über Importieren und Sichern > Wiederherstellen.
Grüße
Dalai