Das Problem kann ich nicht nachvollziehen. Wenn ich die Platzhalter im Ausgabepfad habe, wird die 64-Bit Version der
Unit korrekt im 64-Bit Pfad erzeugt und gesucht. Und wenn ich die 32-Bit Anwendung einzeln erstelle, wird die 32-Bit
Unit auch im 32-Bit Ordner abgelegt. Das kann ich abwechselnd erstellen, es funktioniert, genau so wie es auch sein soll.
Der Fehler tritt bei dir ja auch auf, wenn du die Projekte einzeln erstellst. Da gibt es ja auch kein abweichendes Verhalten durch die Abhängigkeiten und es würde auch bei der normalen Umschaltung zwischen 32-Bit und 64-Bit auftreten. Wenn das nicht funktionieren würde, hätten das Problem sehr viele Entwickler.
Funktioniert es denn, wenn du die Projekte manuell der Reihe nach kompilierst?