Die etwas Delphi-Implementation kann nur anhängen, aber nichts nachträglich ändern/überschreiben/löschen.
Du müsstest also die Datei kopieren, also lesend von einer ZIP, schreibend in eine Neue, und beim Kopieren deine Änderungen vornehmen.
Wenn die Dateigröße egal ist, dann einfach die Datei nochmal anhängen (mit dem gleichen Dateinamen) und beim entpacken überschreiben lassen, bzw. jeweils die letzte Version auslesen.
Ich hab es selber noch nicht ausprobiert, aber Delphi 11 soll nun auch Dateien aus dem Archiv entfernen können (delete):
https://docwiki.embarcadero.com/Libr...ZipFile.Delete