Der IIS verwaltet seine Module mit sogenannten Application Pools. Jedem diese App Pools ist ein Account zugeordnet, unter dem der Pool läuft. Standardmäßig legt der IIS beim Erzeugen eines neuen App Pools einen gleichnamigen User-Account an. Der hat aber nur die nötigsten Rechte um den App Pool zu betreiben.
Wenn die INI-Datei für jeden freigegeben ist, müsste die auch von
RAD-Server gelesen werden können. Die Registry-Einträge landen dann auch in dem User-Zweig des App Pool Accounts (und nicht in deinem!).
Das ganze hier ist aber auch nur dann relevant, wenn es wirklich ein Zugriffsrechteproblem ist.