Das wird aber dann "spaßig", wenn man nicht nur Dezimalkomma gegen Dezimalpunkt, sondern auch noch die Tausendertrenner Punkt und Komma vertauschen muss.
Aber das könnte dann in etwa so aussehen:
SELECT * FROM S_EINSTELLUNGEN_WERTE WHERE STATUS = 'Aktiv' AND FIXWERT = 6 order by Cast(replace(replace(replace(Wert,'.','#'),',','.'),'#',',') as numeric(10,2))