Dann ist etwas mit dem WOW64 Subsystem nicht in Ordnung. Leider gibt es da viele Möglichkeiten...
Am sinnvollsten wäre ganz einfach das letzte Backup zurückzuspielen. Dann kannst du noch einmal die Updates anstoßen und schauen, ob das Problem danach wieder auftritt.
Das Virenprogramm meldet alles ok.
Die meisten Virenscanner (außer z.B. Norton) finden neue Viren nicht. Und wenn die sich erst einmal eingenistet haben, können sie sich ggf. auch gut tarnen. Insofern kann man einen Virus trotzdem nicht ausschließen.
Falls kein Backup vorhanden ist, kannst du z.B. versuchen die Systemdateien zu überprüfen (sfc /scannow), oder schauen, ob Systemwiederherstellungspunkte vorhanden sind und helfen.
Ansonsten bleibt wohl nur eine Neuinstallation.