UPX und viele andere EXE-Packer werden aber auch von den meisten Virenscannern erkannt, entpackt und dann der Inhalt nochmal gescannt.
Aber kann sein, dass hinter UPX/usw. die Erkennung stenger arbeitet, da das UPX eventuell Indiz für was Gefährliches eingestuft wird.
Und veränderte UPX oder eine "ungünstige" Konfiguration können dafür sorgen, dass nicht entpackt werden kann,
und dann wird natürlich gedacht, dass jemand was verstecken will und das ist natülich sofort ganz böse.
Egal ob Viren oder Malware ... das System der Erkennung ist fast überall gleich/ähnlich.
PS: VirenScanner suchen auch nach Maleware.
Und bloß weil Malwarebytes das Malware im Namen hat, so suchen dessen Programme auch nach Viren.