Letztendlich hat Microsoft das Problem aber selbst geschaffen!
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C:\Program Files bzw. c:\programme kam mit Windows 95 parallel mit der Registry (und danach kam dann das Mapping und intern wurde nur noch das englische Verzeichnis verwendet). Hätten damals alle Entwickler die vom System vorgegebenen Möglichkeiten zur dynamischen Bestimmung des Ordners für die Installation von Programmen verwendet, wären danach auch keine Anpassungen nötig gewesen, auch nicht durch die Umleitungen. Auch die Speicherung von Daten im Programmverzeichnis war schon mit Windows 95 nicht mehr vorgesehen. Es haben nur viele trotzdem gemacht und sich dann gewundert als mit Vista der Pfusch dann aufgefallen ist...
Die Ursache ist nicht nur bei Microsoft zu suchen, sondern vielmehr bei Unwissenheit oder Ignoranz vieler Entwickler. Denn viele haben es ja auch noch weiter so gemacht als man es ihnen schon längst gesagt hatte. Das sieht man ja an den diversen Fragen zu Workarounds statt richtiger Lösungen.
Also ich finde das alles Quark im Quadrat. Mittlerweile ist sogar die halbe Systemordnerstruktur gemappt. Teilweise erscheinen im Explorer Einträge wie C:\Programme sogar doppelt (!!!) wobei einer auf C:\Program Files mappt und der andere mit einem "Zugriff verweigert" versandet.
Dann ist Windows einfach ungünstig konfiguriert. Standardmäßig ist das nicht so.
Wenn man nicht nur versteckte Dateien und Ordner anzeigen lässt, sondern auch geschützte Systemdateien, dann bekommt man eben auch Einträge, mit denen man nichts anfangen kann...
(Das hat sich aber auch geändert. Anfangs fielen auch Einträge unter Systemdateien, die man vielleicht mal sehen wollte. Aber seit Windows 7 oder 8 gibt es so gut wie nie einen Fall, in dem es sinnvoll ist auch geschützte Systemdateien einzublenden.)