Es war der Virenscanner - der hatte die Software nach einem Update als "potenziell unsicher" eingestuft und in einer Sandbox ablaufen lassen (ohne das man das gemerkt hätte). Alle Änderungen an Dateien, die die Software gemacht hat, waren jeweils nach dem abendlichen Programmende stillschweigend wieder rückgängig gemacht worden. Aufgefallen ist da erst nach einigen Tagen.
Egal was ist, ein Virennscanner darf doch niemals Daten ungefragt einfach so löschen, schon garnicht ohne irgendwas zu sagen.