Funktioniert das Beibehalten der bisherigen Einstellungen? (Also z.B. die installierten Dritthersteller-Komponenten)
Da Verzeichnisse und Registry-Pfade sich nicht ändern sollten (denk ich mal), müsste eigentlich alles erhalten bleiben. (außer das Setup überschreibt was)
Ansonsten vorher sicherheitshalber mit dem MigrationsTool ein Backup erstellen und notfalls zurückspielen. (falls du nicht andersweitig bereits Backups hast)