Das ist doch Murks. Entweder stellt die Anwendung beim Start fest ob sie auf einem Netzlaufwerk oder lokal liegt. Wenn nicht, kopiert sie sich in irgendein Temp-Verzeichnis und startet sich da.
Oder du machst einen kleines "Launcher"-Programm das nichts anderes tut als die jeweils neuste .exe-Datei zu starten. Du kannst also direkt neue Versionen dort ablegen und hast den Vorteil dass alte Versionen weiterhin bestehen bleiben könnten.
Code:
\\myServer\myFolder
Mein Programm (hier klicken).exe
app_1.0.5.exe
app_1.0.6.exe
usw.