Also ich komme da auf keinen grünen Zweig. Selbst mit Debug DCUs und Durchsteppen durch die Controls- und Forms-Units ist es mir nicht gelungen, die Ursache oder zumindest den Auslöser zu finden.
Wie sieht denn der Stacktrace zum SetBounds an der Stelle aus, an der nach deiner Änderung die Position wieder falsch gesetzt wird?
Dazu musst du ja nur das SetBounds überschreiben und dann vor deinem Aufruf von SetBounds den Haltepunkt im SetBounds (z.B. auch per Haltepunktgruppe automatisch) aktivieren. Dann wirst du einmal dein SetBounds bekommen und danach solltest du dort erneut ankommen.