Ich verwende seit einiger Zeit
My Lockbox. Die scheinen das zu machen, was du suchst.
Die Laufwerksbelegung wird im Explorer richtig angezeigt (man sieht also eine Diskrepanz zu den sichtbaren Verzeichnissen) und ein Programm wie Everything, das auf die MFT zugreift, findet auch die Dateien. Will man aber solch eine Datei aus Everything heraus öffnen, wird der Pfad nicht gefunden.