Bei 7-Zip kann man einstellen was alles verschlüsselt werden soll (nur Inhalte oder zusätzlich auch die Namen)
ZIP selbst, kann sowas nicht (glaub ich), außer du verschlüsselst am Ende nochmal "selbst" die ganze Datei.
(so ähnlich wie bei TAR, was man anschließend nochmal komprimiert und/oder verschlüsselt)
Und 7-Zip kann man per Konsole steuern, oder direkt deren
DLL verwenden. (bei C++ könnte man sogar den Quellcode einkompilieren)