Gibt es irgendwo Empfehlungen zu diesem Thema?
Ja, In der
MSDN ...
Es gibt %AppData% (local/roaming). Da sollt das hin was Anwenderspezifisch ist (persönlich Einstellungen, persönliche Daten, ...)
Dann gibt es ProgramData. Dort sollte das hin was für die Anwendung am Lokalen Rechner für alle Nutzer relevant sind und sich ändern können
Programme gehört nur die Anwendungsdateien + "festen" Zusatzdateien hin.