Die Breakpoints werden in der Tat in der DSK gespeichert. Allerdings entweder in der vom Projekt oder der von der Projektgruppe - je nachdem, was man geöffnet hat (die virtuelle Projektgruppe, die beim Öffnen eines Projekts erzeugt wird, zählt hier nicht).
Es ist übrigens ratsam, die Vorgaben für das
DCU-Verzeichnis
$(Platform)\$(Config) zu beherzigen. Damit vermeidet man das Mischen von DEBUG- und RELEASE-DCUs, das genau das beschriebene Verhalten hervorrufen kann.