Die absolut simpelste Variante für die Darstellung:
Pack ein paar Shapes auf das Formular, so dass sie so aussehen wie du die Markierungen gerne hättest. Stell die Farbe auf blau.
Dann setze TransparentColor auf True und TransparentColorValue auf clBtnFace.
Fertig
Dann kommst du auch problemlos an die Ansicht des QR-Codes, denn der wird ja nicht verdeckt. (Nebenbei wäre das Verdecken seit Windows Vista auch kein Problem mehr. Da kommt man trotzdem an den Fensterinhalt.)