Ich hatte noch nie derartige Probleme. Mein Bauchgefühl sagt mir, dass da nicht die
IDE selbst dran schuld ist. Evtl. ein Plugin oder ein externes Tool wie Git. Man kann doch die
IDE konfigurieren, welche Art Linebreak verwendet werden soll. Wenn jetzt in einem verteilten Projekt der eine Entwickler mit CRLF arbeitet, der andere mit LF, noch einer mit LFCR usw. dann könnte ich mir vorstellen, dass ein Versionssystem beim Zusammenführen die Linebreaks vermasselt. Wenn so ein Fall mal vorliegt wäre es interessant die betreffende Zeile genau zu finden und dann in den Versionslogs nachzuschauen ob die mal explizit von einem Merge betroffen waren.