So, konnte es selber lösen.
Da die beiden Versionen im Original den selben Dateinamen tragen, hatte ich den Namen der 64bit Version geändert, damit ich beide im gleichen Verzeichnis halten konnte. Allerdings scheint die
IDE nach dem in der Datei 'eigetragenen' Namen zu suchen und nicht nach dem aktuellen.
Jetzt tragen wieder beide Units den selben Namen und die Unterscheidung mache ich über die Verzeichnisse. Jetzt tut alles wie es soll...