Nein, nichts ist ausgeschlossen.
Du hast eine VM mit frei wählbarem Linux.
Wir setzen gerne Debian ein, Ubuntu bspw. basiert auf Debian und ist meist etwas forscher mit Aktualisierungen (Kernel, Treiber, Anwendung..), dafür vielleicht nicht so robust.
Eine VM hast Du also sowieso, darin kann man noch mal Docker starten (virtualisierung in der vm) oder man kann es lassen. (Ich würde es hier lassen, wenn Du über die VM frei verfügen kannst und keine Rücksicht nehmen musst und mit diesen Dingen anfängst)
Vorgehensbeispiel:
Man entscheidet sich für ein
OS, z.B. konservativ Debian.
OS installieren und soweit upgraden wie möglich, weiß nicht was Hetzner da als Startpunkt bietet.
Deine Software bietet mehrere Installationsansätze (tar ball, pip/python, ..), an der Stelle müsste man m.E. ansetzen. Evtl. ist pip am besten geeignet.
tar ball = einmal reinkippen und laufen lassen
pip = smarter, mit Aktualisierungsmöglichkeiten, aber pip ist ein Zusatzsystem (Paketverwaltung /Installer in der Python Welt)
p.s.: Die Installation laut Anleitung mit virtualenv ist könnte man als docker Alternative bezeichnen und sie entkoppelt
OS mit seinen Paketständen(Versionen) von der Anwendung.