Wo genau ist das alte Icon zu sehen? Windows cached meines Wissens die Icons, d.h. je nach dem wo du schaust (z.B. Taskleiste), kann es sein, dass du auf den Cache schaust und das es nur ein wenig dauert bis es sich aktualisiert. In den Eigenschaften der exe und oben links im Window müsste aber das korrekte Icon zu sehen sein.
Das alte Icon ist weiterhin in der .exe (Eigenschaften) wie auch in der Taskleiste sichtbar. Ich habe schon die .exe manuell gelöscht und beobachtet wie er die neue .exe mit dem alten Icon versehen hat.