Du übermalst die Linien ja auch. Bei allem was du selber zeichnest, musst du, wenn sich etwas "bewegt", auch selber dafür sorgen, dass das was hinter dem bewegten Teil war wieder neu gezeichnet wird wenn es wieder sichtbar sein soll.
Ich zeichne das Rechteck beim MouseUp Event neu. Das heißt, beim MouseUp Event muss ich zuerst die Linien zeichnen und dann das Rechteck?