Du bist offenbar eines der vielen Opfer der VersionInfo-Vererbung geworden.
Normalerweise erbt eine Build-Konfiguration ihre Einstellungen aus der übergeordneten Konfiguration. Sobald du aber in einer Build-Konfiguration eine Änderung machst, legt Delphi eine Kopie in dieser Konfiguration an, die du mit Bordmitteln nicht mehr weg bekommst.
Abhilfe schafft z.B. mein
Project Magician, der diese unerwünschten Kopien entfernt. Dann muss man die VersionInfo nur noch in der (Plattform-)Basis-Konfiguration einstellen und das vererbt sich dann an alle anderen.