Schwierig. Hast du mal ein "git merge" laufen lassen, um zu gucken ob es überhaupt so viele Konflikte gibt?
Die Möglichkeiten sehe ich grob wie folgt:
1) Hauptbranch einstellen, Neuerungen als nächste Version bringen.
1a) Du kannst den Merge einfach lösen, indem du stumpf eine Seite nimmst. Ist nachher leider nicht so transparent.
1b) Du benennst den Hauptbranch um in "Version 1.2" (oder was es inzwischen ist) und ernennst den anderen zum neuen Hauptbranch.
2) Durchbeißen und alle Mergekonflikte einzeln lösen
Um die auch Tipps zu geben, so etwas in Zukunft zu vermeiden:
1. Besser sind viele kleine Commits. "53 geänderte noch un-committete Dateien" wären für mich schon per se ein Alptraum. Sowas kommt vielleicht mal vor, wenn man eine
Unit umbenannt hat - dann sollte man aber schnell einen commit machen
2. Viele Feature-Branches statt eines großen. Du kannst die Bugfixes für deinen Hauptbranch ja in einem kleinen Branch machen, dort hinein mergen und dann (nach eventuellen Anpassungen) auch in den Neuerungen-Branch.