Welche Funktion hat dieser Ordner noch?
Den Schutz der Daten. Das Problem ist nicht der Ordner Program Files(x86), sondern eher die der Programmierer, die falsch programmieren. Das Problem was du hast ist
IMHO weniger das Problem das Ordners, als das Problem des Programmierers.
Die Daten im Ordner Program Files(x86) sind vom System geschützt. Niemand außer dem Administrator kann sie ändern oder löschen. So ist das gewollt. Deshalb gehören dort alle Daten die geschützt werden müssen, z. B. EXE-Files, usw.
Nur glauben viele Programmierer dort auch ihre Ini (oder Ähnliches) ablegen zu können. Dafür ist der Ordner aber nicht gedacht.
Wenn du also nun deine Programme in AppData\Roaming ablegst, kann jeder Virus sie kompromittieren. Denn dieser Ordner wird nicht vom System geschützt. Auch können andere Programme in den Ordner etwas reinschreiben und so die Funktionsweise ändern. Oder irgendwer löscht einfach den Ordner.
Kein Program Files(x86), kein Schutz durch das System (meine Meinung).